Domanda ai più esperti: se io apro il NEF con Capture NX2, mi regolo bilanciamento del bianco, luci, ombre e do una sistemata genere; imposto la nitidezza su ZERO ed esporto un Tif a 16bit su Photoshop per i ritocchi finali più sharpening e riduzione rumore (Topaz denoise fa miracoli) ho una drastica perdità di qualità?

Perché non fai una prova? Basta poi salvare con un nome diverso e avrai comunque sempre il tuo nef a disposizione. E ti dai la risposta da solo.
Io comunque uso solo Capture e non mi limito a quelle due o tre correzioni cui facevi cenno.

1°

A occhio e croce direi di no poiché ps lavora comunque sul tiff anche venendo direttamente da camera raw..direi quindi che li sviluppo del raw sono preferenze, poi in ps non entra comunque mai..

Pultroppo io e Capure non siamo ottimi amici e trovo molto più facile fare le modifiche in Photoshop. Provo a vedere se il risultato ottenuto dal salvataggio di un Tif 16bit da NX2 ed esportato in Photoshop dà un buon risultato finale.