Attenzione, VNX2 è nato
solo ed esclusivamente come visualizzatore di foto e questo è, ovviamente, l'utilizzo principale.
E' possibile usarlo anche per apportare piccole e rapidissime modifiche (nel corso della sua vita, queste opzioni, seppur basic, sono andate ad aumentare) ai file NEF senza dover, per forza aprire il fratello maggiore Capture NX2.
Ovviamente, se le foto necessitano di maggiore e più particolari operazioni, allora si rende necessario utilizzare software migliori e, soprattutto, scritti appositamente: Capture, Lightroom, Aperture, eccetera eccetera.
Per arrivare alle tue domande, ti è già stato risposto, ma cerco di elaborare un pò di più
1) No, con la D90, come per le altre fotocamere (salvo alcune ad alto livello

), non hai Capture NX2 in regalo, lo devi comprare in negozio specializzato. Se hai la versione 1, puoi risparmiare comprandoti la versione 2 aggiornamento.
2) Sono entrambi software ad alto livello: CNX2 legge le impostazioni oncamera, LR, a parte il WB, non lo fà. Esistono però il profili nikonlike mooolto vicini ai picture control nikon
3) Se si lavora in JPG, meglio LR (IMHO) o, ancora meglio...CS
4) Sì, plug-in Nik Software esistono anche per CNX". Vai sul sito del produttore per maggiori info.
5) CNX3? No news at all...
Quale è meglio tra CNX2 e LR4?
Il primo è di casa, quindi, come scritto sopra, legge le impostazione della macchina e le riporta direttamente in fase di rendering all'immagine in apertura e, questo, è un vantaggio. Lo svantaggio è che scrive le modifiche apportate all'interno del NEF stesso aumentandone le dimensioni in termini di MB. Non tutto il male viene per nuocere, però...

Se prendi lo stesso file e lo apri su un altro PC con installato CNX2 e/o VNX2, ti ritroverai nelle stesse condizioni di elaborazione fatte dall'altra parte

LR4, è più veloce, non altera il file NEF scrivendo al suo interno, non salvi l'immagine risparmiando un sacco di tempo. Se ti piacciono i colori Nikon (perchè comprare LR allora?

), puoi usare i profili nikonlike. In rete trovi migliaia di presets
Alla fine, dire qual'è il migliore è difficile e l'unica soluzione è...scoprirlo da solo scaricando le versioni di prova

Ciao,
Alessandro.