Uhm...cambiato fotocamera??

Mah, potresti avere semplicemente modificato la qualità d'immagine, o la compressione o i bit dei NEF...non so quale sia la fotocamera, ma ci sono vari parametri che influiscono sulla
stima (parecchio pessimistica) degli scatti residui mostrata a display.
Facendo un passo indietro. La cancellazione non è proprio uguale alla formattazione. Non che sia un grave problema di per sè, ma alla lunga, come detto, può comportare una certa "confusione" nelle allocazioni di memoria della scheda. Tanto vale formattare dalla fotocamera, di meglio e più comodo non si può fare.
I file di sistema che hai trovato sulle memorie potrebbero essere semplicemente i files .db o altri che il sistema operativo crea quando si visualizzano delle immagini, Di per sè, ancora, nessun problema particolare, ma ridurre le operazioni di lettura/scrittura su una CF contribuisce ad aumentarne la longevità. Ammettiamo che sia previsto un errore grave ogni milione di operazioni (numeri a caso..). Ogni scrittura di una foto è un'operazione. Ogni lettura anche. In genere ci si limita a questo, dato che la scheda si scarica e si formatta. Solo lasciare la CF piena di files connessa al PC, ad esempio, comporta che il S.O. continuerà ciclicamente ad accedere ai files per le operazioni automatiche di indicizzazione. Questo accresce inutilmente e sostanzialmente il numero di operazioni effettuate sulla memoria, molto più di quanto facciano gli scatti effettivi.
Non è chiaramente un discorso "economico", se e quando la CF smetterà di funzionare, si butterà e si sostituirà con una ormai più economica e di capienza molto superiore. Il problema è il momento in cui si presenterà l'errore finale...secondo una qualche "legge" che ora mi sfugge, essa si romperà proprio nel momento fotografico più importante della tua vita!

...con un utilizzo più accorto, magari non ci arriverai mai all'
errore finale...
bye.