Potrebbe essere la scheda difettosa, come potrebbe dipendere anche da problemi durante la lettura e scrittura dei files.
Innanzitutto se vuoi provare a recuperare i files, non usare la scheda per scrivere altri dati: quando tu la formatti infatti vai solo a cancellare la collocazione dei files, ma non i files veri e propri:
è come se per "formattare" un libro, togliessi solo la pagina dell'indice, rendendo di fatto introvabili gli argomenti...
Ci sono vari programmini, anche gratuiti, che in questi casi riescono a recuperare i files, o parti di essi.
Il problema dei files corrotti mi si è presentato in due occasioni: una volta era una scheda xd picture che presi su ebay e che risultò falsa. Mi ha fatto perdere parecchie belle foto e non sono riuscito a recuperarle in quanto il difetto era proprio della scheda.
Un'altra volta invece era dipeso dal fatto che stavo usando un lettore di SD per leggere i dati, e varie foto nel trasferimento file si sono danneggiate. Fortunatamente me ne accorsi prima di cancellare le foto dalla scheda, e ripassandole sul pc tramite fotocamera collegata col cavetto usb, non ho più avuto problemi.
Per sicurezza, procurati una SD, tanto fanno sempre comodo e costano poco!
Da mediaword prendi una SD della sandisk classe4 (quindi non velocissima) da 4gb a 7€ circa

Se poi vuoi qualcosa di più performante ci sono le Sandisk extreme da 20mb/s 30mb/s fino a 60mb/s, ma hanno prezzi molto più alti.
Evita prodotti cinesi o venditori non garantiti: perdere delle foto importanti costa molto di più di quei pochi euri risparmiati!