Come da titolo
Quale è la migliore delle due?
Quale comprereste?

Adesso, oggi, la D3100 senza dubbio: è tecnologicamente superiore oltre che alla "sorella minore" (D3000) anche alla "sorella maggiore" (D5000).
La D3100 è stata ideata come l'evoluzione della D3000 ma in realtà si è rivelata anche superiore alla D5000...
Non resta che aspettare la D5100 (?)...
Questo modello (?) andrà a posizionarsi tra la D3100 e la D90 (tra non moltissimo, dati i tempi ridotti della tecnologia, addirittura la D7000)
Se si vuole salire di livello, OGGI si deve guardare la D90 (ben collaudata ma prossima alla pensione, anche se non imminente) o la D7000 (per iniziare è davvero troppo).
Rimanendo a buoni livelli, non resta che scegliere la D3100...
Ci si può già divertire più che mai, scattare foto bellissime e soprattutto imparare bene.

Passando oltre, la D90 è un'eccellente macchina, come la D5000 (ancor più di quest'ultima) ma sinceramente troppo "vecchie" per i miei gusti.

Guarda questa recensione circa le caratteristiche delle 3 macchine (D3000-D5000-D3100).
http://www.fotopratica.it/?p=1632

Bisogna riconoscere che la D5000 si difende ancora più che bene (ad esempio il sensore) ma...ne vale la pena? Non direi!

(?) = Solo "voci" e NIENTE DI UFFICIALE circa l'uscita di questo modello in casa Nikon.

Tra le due probabilmente la D3100 che ha un sensore di generazione ancora + nuova della D90, con una resistenza agli alti ISO notevole.
Fa filmati FullHD mentre la D5000 solo in HD.
In effetti la D3100 è la miglior entry-level al momento.