Credo che sarà difficile salvare capre e cavoli senza rinunciare al caffè con gli amici al bar, ammesso che il feeder ti attivi la scansione in automatico.
Io direi prima di provare con una e poi con più dia. Solo dopo che vedi con i tuoi occhi come funziona il tutto, potrai fare la scelta giusta.
Ti confesso che non uso Photoshop

perchè ho una idiosincrasia per "monopoli e similaria", specie quando sin dalle prime versioni non mi son mai piaciute nè interfaccia grafica, nè prestazioni.

Generalmente uso uno specifico programma per ogni specifica elaborazione o giù di lì. Per i noiosi software da portfolio è solo questione di gusti personali.
So che alcuni hanno avuto problemi ad usare l'interfaccia di NikonScan in Photoshop, quindi è inutile fare i conti senza l'oste...
Per ora sono altri i problemi.
Il formato lo scegli solo quando salvi il file.
Li salvi tutti in una volta? Dovrai comunque usare NikonScan in un'applicazione host che ti consenta di farlo.
Perchè 1280 x 768 quando il formato 35 mm è 1280 x 853 e quello video è 1280 x 1024? Le tagli tutte allo stesso modo?
Perchè il formato JPEG se non sono unicamente per internet?
Si paga tanto

per un pizzico di qualità in più per poi ridursi al formato JPEG?
L'accettabilità del degrado effettuato dal JPEG non dipende solo dalla scelta della compressione, ma anche dal campionamento del chroma.
E questo subsampling lo farai con questo "grande e onnipresente" Photoshop? Provaci ! !
Salvando in TIFF salvi anche i dati di scansione ed altri dati senza degradare l'immagine.
Quella risoluzione è troppo grande per internet, dovrai comunque effettuare un resizing. Lo farai batch?
Dopo che il file è stato degradato dal JPEG e risalvandolo lo degradi ancora di più?
E le immagini con inquadrature verticali in che formato saranno? E farai il resizing batch insieme a quelle orizzontali?
O lasci lo stesso formato e quando devi vedere le verticali le ruoti di 90°,
così sul monitor... le vedi a mezzo busto, formato tessera !
Credo di averti dato abbastanza argomenti su cui meditare.
Buona meditazione !